Wichtiges Prinzip der Gesundheitsarbeit ist die Vorbeugung von Krankheiten. Dazu gehören die Beratung und regelmäßige Untersuchungen der Kinder in den Dörfern  sowie AIDS-Aufklärungsprogramme in Togo und Ghana die Unterstützung von AIDS-Waisen und HIV-Infizierten.
Des Weiteren gibt es Teams die in die Dörfer fahren, um die Menschen gegen Krankheiten wie Tetanus, Polio und Masern zu impfen.

In kleinen Orten ist es häufig schwierig medizinische Hilfe zu finden. Deshalb unterhalten die EEPT und E.P.Church zahlreiche Gesundheitsstationen überall in Togo und Ghana. Dazu gehören  Bladjai,  Dambai, Dzemeni, Agbozume, Hatorgodo, Kativou, Sodo und Farende.
Für schwerere Fälle in denen eine Gesundheitsstation nicht ausreicht, gibt es Kirchliche Krankenhäuser wie in Agou-Nyogbo.

Durch die Einrichtung von Apotheken in Togo und Ghana wird die Versorgung der Bevölkerung mit den wichtigsten Medikamenten gewährleistet.
Ein Beispiel dafür ist die Apotheke in Ho.